Der Palast wird „Neu“ genannt, weil er auf der Grundlage von Michelangelos Projekt komplett neu erbaut wurde, um die Gestaltung des Kapitolinischen Platzes zusätzlich zu den bereits bestehenden Palazzo Senatorio und Palazzo dei Conservatori zu vervollständigen. Das Museum wurde 1734 unter dem Pontifikat von Clemens XII. eingeweiht, der im Jahr zuvor die sehr bedeutende albanische Antiquitätensammlung, bestehend aus 418 Skulpturen, für die kapitolinischen Sammlungen erworben hatte. Diese wurden zu den Werken hinzugefügt, die bereits im Vatikanischen Belvedere ausgestellt waren und 1566 von Papst Pius V. dem Campidoglio geschenkt wurden, sowie zu den Skulpturen, die Jahr für Jahr auf dem Hügel ankamen und keinen Platz mehr im Palazzo dei Conservatori fanden .